Do bị tấn công bất ngờ nên quân Pháp bị thiệt hại lớn: tiểu hạm Espérance bị đánh chìm, 17 lính và 20 cộng sự người Việt bị giết, chỉ có tám người trốn thoát, gồm 2 lính Pháp và 6 lính Tagal (tức lính đánh thuê Philippines, cũng còn gọi là lính Ma Ní). Viên sĩ quan chỉ huy tàu là Parfait vì vắng mặt, nên cũng thoát chết.[6]

Bên quân Việt toàn thắng, nhưng có 4 nghĩa quân hy sinh. Theo tác giả Paul Vial, sau khi nghe tin tàu mình cai quản bị đánh chìm, trung úy Parfait tức tốc dẫn quân tiếp viện đến làng Nhật Tảo để trả thù. Họ đã đốt phá nhiều nhà cửa (thiệt hại về người không rõ), rồi sau đó còn cho xây một bia tưởng niệm ở bên bờ sông.